在二周目开始时，首要任务是提升队伍等级和技能熟练度。通过反复挑战训练师和野生宝可梦积累经验值，确保主力成员达到60级左右。重点强化属性克制关系，针对火系、水系、草系等常见属性配置互补技能。携带学习装置可加速低等级成员成长，但需注意经验分配均衡性。道具方面优先选择剩饭、生命宝珠等持久战装备，同时储备足够的恢复药剂和状态解除道具。
探索新区域时需针对性调整队伍配置。二周目开放的层云山、阿鲁夫遗迹等区域存在高等级敌人和隐藏BOSS，建议携带水精灵对抗火系敌人，电精灵压制飞行系，草精灵补充防御短板。捕捉稀有宝可梦如拉帝欧斯、乘龙等需准备高级球和催眠技能，其出现位置具有随机性，洛斯利海峡和狭小海湾需反复探索。注意收集火山之玉、极光之玉等剧情道具，这些物品可能影响传说宝可梦的捕获条件。
道馆挑战是检验队伍实力的核心环节。飞系道馆首领阿速使用54级暴蝾螈等强力宝可梦，需准备岩石系技能应对；虫系道馆阿笔的巨钳螳螂需火系招式克制。战斗前需通过特性分析调整出手顺序，天气战术在二周目尤为关键，沙暴队配合坚硬特性可实现持久消耗。技能机器36（臭泥爆弹）等范围攻击技能能有效应对群体战，但要注意PP值管理。
最终联盟挑战前需完成队伍终极优化。通过浅葱灯塔的无限对战训练师测试阵容强度，顶层可随机获得珍贵技能机器。融合团头目蕾吉娜的百变怪队伍考验应变能力，建议携带强化类技能突破。神兽捕捉环节需善用黄金喷雾剂避免杂兵干扰，克雷舍利亚等传说宝可梦具有特殊触发条件，如月牙之羽需在旅馆梦境中捕获。通关后继续收集进化石完善图鉴，通信进化类宝可梦在汉化版中需依赖特殊道具替代进化。
队伍培养是持续动态过程，需根据敌方数据不断微调。二周目新增的成就系统会解锁隐藏区域，反复挑战精英训练师可获得努力值提升药剂。饲育屋的随机蛋能补充队伍多样性，但无法孵化传说宝可梦。最终成型的队伍应兼具属性覆盖、技能连锁和道具协同三项核心要素，这种配置可应对所有类型的后期挑战。
