合理的阵容搭配是通关和对战的关键。初始御三家选择小火龙、妙蛙种子或杰尼龟各有优势，小火龙后期进化为喷火龙拥有高攻击和飞行属性，妙蛙种子双属性抗性优秀且能学习多种技能，杰尼龟进化后水属性技能覆盖面广。通关阵容推荐以属性互补为主，常见组合包括喷火龙、闪电鸟、急冻鸟、超梦、乘龙和胡地，这套阵容覆盖火、电、冰、超能、水等多种属性，能有效应对大部分道馆战和四天王。
中期捕捉强力宝可梦能显著提升队伍实力。闪电鸟在无人发电厂深处捕获，急冻鸟需在双子岛推石头堵瀑布后触发战斗，超梦则位于华蓝洞窟底层，需冲浪和攀瀑技能才能抵达。乘龙在浅红市狩猎地带水域出现，胡地由凯西进化而来，高特攻和速度使其成为超能系核心。队伍中建议配备至少一只高速控场精灵（如胡地或雷伊布）和一只耐久型坦克（如卡比兽或吉利蛋），以平衡攻防节奏。
喷火龙可学习火焰喷射、翅膀攻击、地震和龙爪，闪电鸟推荐十万伏特、啄钻、光墙和求雨，急冻鸟搭配暴风雪、冰冻之风、反射壁和心眼。超梦作为全能输出手，适合携带精神干扰、阴影球、自我再生和冰冻光束。辅助技能如高速移动、剑舞、替身等能提升战术灵活性，而冲浪、飞天、闪光等秘传机技能建议由非主力精灵学习以避免占用战斗技能栏。
后期挑战四天王和冠军时，需针对敌人属性调整阵容。冰天王科拿的宝可梦弱格斗和岩石，可派出风速狗或怪力；龙天王渡的队伍惧怕冰系，急冻鸟或拉普拉斯能快速清场。冠军青绿的阵容较为均衡，建议优先解决其水箭龟和化石翼龙。二周目解锁七岛任务后，可进一步补充队伍强度，如捕获火焰鸟、代欧奇希斯等传说宝可梦，或通过交换获取版本限定精灵如巨钳螳螂。
个体值和努力值需针对性培养，例如超梦主攻特攻和速度，卡比兽侧重HP和物防。道具选择上，剩饭、焦点镜片、先制之爪等能提升实战容错率。通信进化精灵如耿鬼、隆隆岩等可通过本地联机获取，进一步丰富队伍配置。定期利用对战塔检验阵容强度，并根据反馈调整技能和配招，是持续优化队伍的有效方法。
火红版的阵容构建需兼顾属性克制、技能覆盖和战术多样性，通过合理捕捉与培养，玩家能组建出适应不同战况的强力队伍。
